6月中旬，武汉会战迫在眉睫。薛岳于18日调任第九战区第一兵团总司令，南下江西，负责鄱阳湖西岸及南浔线防御。从8月初至11月初，薛岳指挥南浔线守军打了多次胜仗，粉碎了日军在行进间攻占南昌的企图。其间，10月1日至10日指挥的万家岭大捷，在德安县万家岭几乎全歼日军一零六师团，消灭日军1万余人，俘敌300多人，给日军以沉重打击。新四军军长叶挺把万家岭之战同平型关、台儿庄大捷相提并论，称：“万家岭大捷，挽洪都于垂危，作江汉之保障，并与平型关、台儿庄鼎足而三，盛名当永垂不朽！”
1939年初，薛岳晋任第九战区司令长官，兼任湖南省政府主席。薛岳在此任内，日军先后出动约40万人，三犯湘北，企图直取长沙。薛岳指挥所部，与日军进行了三次大规模会战。起初，蒋介石已决定放弃长沙，薛乐说：“长沙不守，军人之职何在？”白崇禧也曾劝薛岳“长期抗战，须保持实力”，薛岳遂表示必守长沙的决心：“湘省所处地位关系国家民族危难甚巨，吾人应发抒良心血性，与湘省共存亡。”于是，蒋介石同意了薛岳组织长沙会战的计划。
