对于商业，朱元璋也十分重视，远在和张士诚对峙时期，便派遣专人到敌境做买卖： “西淮、浙盐场俱系张士诚地面，朱元璋以军民食盐难得，令枢密院经历司给批与将官家人，驾船往高驮沙界首，以货易盐，到京货卖军民食用。后得诸暨，于唐口关立抽分所，得处州于吴渡立抽分所，许令外境客商就两界首买卖。
于是绍兴、温州客人用船载盐于唐口、吴渡交易，抽到盐货，变作银两，及买白藤琉黄等物以资国用。”平陈友谅后，在江西、湖广设官办课(税),每年得谷一百余万石。平张士诚、方国珍后，在浙江及直隶府州设官店，设官收课。在江州设茶运司，抽取茶税。规定凡商税三十分取一，过此者以违令论。税收机构在京为宣课司，府县为通课司。洪武元年(1368)诏中书省，命在京兵马指挥司并管市司，三日一次棱勘街市斛斗秤尺，稽考牙侩姓名，规定物价。在外府州各城门兵马，一体兼管市司。洪武十三年(1380)谕户部，自今军民嫁娶丧葬之物，舟车丝布之类都不征税。并大量裁减税课司局三百六十四处。南京人口密集，军民住宅连廊栉比，没有空地，商人货物到京无处存放，有的停在船上，有的寄放城外，牙侩从中把持价格，商人极以为苦。朱元璋了解这情况以后，就叫人在三山门等门外，盖了几十座房子，叫作塌坊，专存商货，上了税后听其自相贸易。并禁止对贫民负贩的科税。为了繁荣市面，洪武二十七年(1394)命工部建十五座楼房于江东诸门之外，令民设酒肆其间，以接四方宾客，名为鹤鸣，醉仙，讴歌、鼓腹、来宾、重译，等等。修好后还拿出一笔钱，让文武百官大宴于醉仙楼，庆祝天下太平。